Криптографія з метою конфіденційних платежів почала використовуватися з 1990 року в системі DigiCash Девіда Чома, компанія якого збанкрутувала в 1998 році. Однак, його платіжна система була централізованою, а вперше термін «криптовалюта» почав використовуватися після появи пірингової платіжної системи Bitcoin, яка була розроблена в 2009 році людиною або групою осіб під псевдонімом Сатосі Накамото і використовує хешування SHA-256 і систему proof-of-work.

Пізніше з'явилися інші незалежні від Bitcoin криптовалюти, звані форками Bitcoin: Namecoin (децентралізована DNS, що використовує однойменну криптовалюту для реєстрації внутрішніх доменів .bit), Litecoin (використовує хешування Scrypt, збільшена верхня межа загальної емісії, зменшено час підтвердження транзакцій), PPCoin (використовує гібридний механізм proof-of-work / Proof-of-stake, не має верхньої межі на загальний обсяг емісії), Novacoin (аналогічна PPCoin, але використовує scrypt і зменшені коефіцієнти, пов'язані з емісією).

Також було створено безліч інших форків, але більшість з них не мають в собі нічого нового (або є точною копією Bitcoin, або їхні відмінності обмежуються тільки значеннями межі і швидкості емісії та/або алгоритмом хеш — функції) і не набули широкого поширення.

Більшість таких форків з'явилося на тлі двох великих, що супроводжуються підвищеною увагою з боку ЗМІ, бульбашок на ринку Bitcoin в 2011 і 2013 роках.

2018 року австралійське місто Агнес Вотерс стало першим містом у світі, де дозволили розрахунки у криптовалюті. У місті можна розплатитися біт­ко­їнами (Bitcoin), Bitcoin Cash (Bitcoin.​Cash), ефіром (ETH/USD), лайт­коїнами (LTC/USD) і NEM.Також, у співпраці із керівництвом Французької Полінезії, громадська організація, що складається з благодійників, науковців та інвесторів, працює над створенням альтернативи сучасним країнам — проєкту «Плавучий острів» (Floating Island Project). Ця програма передбачає створення штучного острова, де розташовуватимуться будинки для 300 жителів. Утворення матиме власний уряд, а місцевими грошима буде криптовалюта Varyon.

За перші пів року 2018 хакери викрали криптовалюти на 1 млрд доларів. За період із січня 2017 року по вересень 2018 тільки північнокорейські хакери вкрали із іноземних бірж криптовалюти на пів мільярда доларів (за даними ООН).

У червні 2020 року американський співак і репер сенегальського походження Akon в інтерв'ю для Bloomberg заявив, що наступного місяця планує випустити власну криптовалюту Akoin.